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纳他霉素加入果汁中，可消除果汁中的酵母菌、真菌和霉素。有效防止果汁发酵变酸，同时不对果汁风味有任何影响，延长果汁的保存期。一般几个～几十个ppm的溶度就能达到满意的效果。
5、在水果上应用
用纳他霉素的悬浮液浸泡苹果、梨、李子、桔子、草莓、樱桃、栗子等可有效防止水果变坏。
6、其它方面
纳他霉素还可防止果酱、果冻、腌泡制品、鱼、禽肉类，人造牛油等的霉变。
纳他霉素使用卫生标准（GB 2760-2011）
食品名称/分类 使用量g/kg※
干酪 0.3
糕点 0.3
酱卤肉制品类 0.3
熏、烧、烤肉类 0.3
油炸肉类 0.3
西式火腿（熏烤、烟熏、蒸煮火腿） 0.3
肉灌肠类 0.3
发酵肉制品类 0.3
蛋黄酱、沙拉酱 0.02
果蔬汁（浆） 0.3
发酵酒 0.01 g/L
质量标准 GB25532-2010
项目指标
含量，%（以无水物计）：≥95
干燥失重，%：≤9.0
灼烧残渣，%：≤0.5
pH值：5.0～7.5
铅（Pb），mg/kg：≤2
重金属（以Pb计），mg/kg：≤20
菌落总数（cfu/g）：≤100
大肠菌群（MPN/g）：≤30
致病菌（志贺氏菌、金黄色葡萄球菌、沙门氏菌）：不得检出